Koronawirus SARS-CoV-2, Covid-19

Szalejący na całym świecie koronawirus SARS-CoV-2 (wcześniej nazywany 2019-nCoV, zidentyfikowany w Wuhan) wywołuje chorobę zwaną Covid-19. 

Koronawirusy to grupa wirusów RNA (rdzeń wirusa zawiera jako materiał genetyczny kwas rybonukleinowy), do której należy np. grypa, HIV wywołujący AIDS. 

Koronawirusy są jednymi z największych wirusów RNA pod względem długości genomu (~ 30 000 nukleotydów) oraz rozmiaru wirionu (sferyczny, 80-180 nm średnicy). 

Pierwsze wzmianki o ludzkich koronawirusach pochodzą z lat 60. XX wieku, kiedy to udało się wyizolować i opisać dwa patogeny – HCoV-229E oraz HCoV-OC43. Koronawirusy przez lata znajdowały się na uboczu głównego nurtu badań w wirusologii i medycynie, ponieważ te dwa gatunki wywołują łagodne przeziębienie, które bez żadnej interwencji ustępuje w ciągu kilku dni. Dopiero początek XXI wieku przyniósł światu epidemię choroby wywołanej przez nieznany wcześniej, wysoce zakaźny gatunek koronawirusa SARS (ang. severe acute respiratory syndrome).  (...) W 2012 roku, po 10 latach od epidemii SARS-CoV, pojawiły się przypadki nowej, ciężkiej i często śmiertelnej choroby układu oddechowego wywoływanej przez koronawirus MERS [1].

By https://www.scientificanimations.com - https://www.scientificanimations.com/wiki-images/, CC BY-SA 4.0, Link

Koronawirusy przenoszą się głównie drogą kropelkową, a pierwszym miejscem infekcji jest nabłonek migawkowy górnych dróg oddechowych.

SARS-CoV-2 posiada jedynie receptory komórkowe dla komórek płuc (zaraża tylko płuca). Wrota zakażenia to nos lub usta. SARS-CoV-2 rozprzestrzenia się w kropelkach z dróg oddechowych poprzez kaszel i kichanie na odległość nawet 10 metrów [3]. Oznacza to, że oddychanie powietrzem nie niesie zagrożenia infekcją.

Ponieważ jest nowym, wcześniej nie znanym wirusem ludzie nie posiadają wytworzonej odporności. Nie ma leków, ani szczepionek, które chroniłyby przez zakażeniem lub ograniczałyby rozwój infekcji. Jedyną opcją jest leczenie objawowe.

***

Badania diagnostyczne technikami molekularnymi PCR i Real-Time RT-PCR w kierunku zakażeń układu oddechowego wirusami SARS; MERS; SARS-CoV-2 wykonywane są w laboratorium Zakładu Wirusologii NIZP-PZH - zgodnie z rekomendacjami WHO i ECDC. 

Wymagania dotyczące pobrania i transportu materiału do badań metodą RT-PCR w kierunku zakażeń układu oddechowego powodowanych przez koronawirusy (SARS; MERS; SARS-CoV-2 – COVID-19).

***

Wirus przenosi się drogą oralno-fekalną, więc stolec (z dużym prawdopodobieństwem również mocz) są potencjalnie zakaźne.

Z najnowszych danych wynika, że w przypadku infekcji wirusami z grupy SARS-CoV-2 przeciwciała IgM mogą być wykrywane we krwi po 3-6 dniach, natomiast przeciwciała IgG po 8 dniach. Wysoce prawdopodobnym jest, że niebawem personel medyczny będzie mógł korzystać z dodatkowych narzędzi diagnostycznych (np. szybkie testy/POCT – już dostępne na rynku).

***

Prof. dr hab. n. med. Katarzyna Dzierżanowska-Fangrat, konsultant krajowa w dziedzinie mikrobiologii lekarskiej, wydała oświadczenie dotyczące tzw. szybkich testów na obecność koronawirusa SARS-CoV-2. Zwraca w nim uwagę, że w diagnostyce zakażeń SARS-CoV-2 należy stosować metody molekularne, a nie serologiczne.

"zgodnie z aktualnymi zaleceniami WHO w diagnostyce zakażeń SARS-CoV-2 należy stosować metody molekularne. Badania należy wykonywać w laboratoriach 2. klasy bezpieczeństwa biologicznego (BSL-2), które posiadają odpowiednią infrastrukturę i doświadczenie w molekularnej diagnostyce zakażeń wirusowych".

Amerykańskie Centra Kontroli i Prewencji Chorób (Centers for Disease Control and Prevention - CDC) pracują nad testem serologicznym wykrywającym swoiste dla SARS-CoV-2 przeciwciała w klasie IgM/IgG na potrzeby prowadzenia dochodzenia epidemiologicznego i diagnostyki retrospektywnej zakażeń COVID-19.
Zwraca także uwagę, że "dotychczasowe doświadczenia z diagnostyką serologiczną zakażeń innymi ludzkimi koronawirusami wskazują na potencjalne ryzyko reakcji krzyżowych z pozostałymi beta-koronawirusami".

"Tylko zastosowanie metod molekularnych pozwala na spełnienie laboratoryjnego kryterium potwierdzenia przypadku COVID-19, zgodnie z obowiązującą definicją przypadku na potrzeby nadzoru nad zakażeniami ludzi nowym koronawirusem".

Źródło: Puls Medycyny

https://pulsmedycyny.pl/ekspert-nie-zaleca-sie-testow-serologicznych-w-celu-wykrywania-koronawirusa-sars-cov-2-985405?fbclid=IwAR3ADCnFIxWRZkCVJHiz3HLJCzR1_tTYsGJ5dxdV23FfvfmkR3mJBG1Q_dQ

 ***

Kilka praktycznych rad dot. wskazań i środków ostrożności:

Pamiętaj, że wirus może znajdować się na wszelkiego rodzaju powierzchniach - uchwytach, klamkach, przełącznikach, przyciskach, desce klozetowej, kluczach, na banknotach i bankomatach, portmonetce, klawiaturze czy telefonie, domofonie, windzie, na zabawkach, na sprzęcie na placach zabaw, kierownicy roweru i kierownicy samochodowej, itp. 
Wirus jest wrażliwy na detergenty, na 70% alkohol. Ma zdolność przeżywania na powierzchni przez kilka dni. Przecieraj powierzchnie płynem na bazie alkoholu 70 %. Po zakończeniu wycierania pozostaw do wyschnięcia na powietrzu.

Nie jest prawdą, że wódka zabija wirusy. Alkohol 40% jest za słaby na zabicie wirusa, a spirytus uszkadza nabłonek ułatwiając wniknięcie wirusa do organizmu.

Używaj jednorazowych chusteczek higienicznych, rękawiczek lateksowych, winylowych lub nitrylowych. 

Maseczki chirurgiczne nie chronią przed wirusami, jednak mogą być pomocne, ograniczają nieświadome dotykanie błon śluzowych ust i nosa, ograniczają również rozpryskiwanie śluzu podczas kichania i kaszlu osoby chorej. Problem w tym, że w Polsce maseczki nie tylko z filtrem Hepa, ale i chirurgiczne i przeciwpyłowe tzw 'budowlane', przeciw smogowe są nieosiągalne, niestety.
Trzeba wiedzieć, że maseczki budowlane absolutnie nie nadają się do ochrony przed drobnoustrojami. 
Używanie szczelnych maseczek nie jest obojętne dla organizmu, uniemożliwia bowiem prawidłową wymianę gazów. Wiadomo, że podczas oddychania przy wydechu następuje wydalenie dwutlenku węgla, zaś przy wdechu dostarczenie tlenu. Szczelna maseczka powoduje ponowne wdychanie zużytego powietrza, a więc CO2, zamiast powietrza bogatego w tlen. Konsekwencją jest niedotlenienie organizmu (niedotlenienie krwi, powoduje w konsekwencji niedotlenienie narządów - serca, nerek, mózgu), a także skraplanie się wody w płucach.
Ciekawe info nt sprzętu ochrony osobistej - maseczki chirurgiczne, respiratorowe, skuteczność w filtrowaniu cząstek o wielkości 0,3 mikrona i większych (zauważając, że koronawirus jest mniejszy). Ochrona oczu i in. Warto przeczytać również komentarze na które odpowiada autor

https://fastlifehacks.com/n95-vs-ffp/

Poniższy obraz pokazuje rozmiar koronawirusa w stosunku do innych małych cząsteczek, takich jak bakterie, czerwone krwinki lub cząsteczka pyłu PM10

https://smartairfilters.com/en/blog/coronavirus-pollution-masks-n95-surgical-mask/

Jeśli to możliwe, przy kaszlu lub kichaniu należy używać jednorazowych chusteczek, które należy od razu wyrzucać. Tylko jeśli nie macie takiej możliwości, kichnijcie lub odkaszlnijcie w łokieć. Wówczas na ubraniu w tym miejscu znajdzie się zakaźny wirus zdolny przenosić się przez co najmniej tydzień!
Myj ręce jak najczęściej, po wszelkiego rodzaju czynnościach. Nie musi to być płyn na bazie alkoholu, wystarczy zwykłe mydło (koronawirusy posiadają lipidową osłonkę wrażliwą na detergenty). Fachowcy prześcigają się jak prawidłowo myć ręce przy użyciu dozownika, nie uwzględniają opcji, kiedy większość używa mydła i wody z kranu zamykanego kurkiem. Zarówno mydło jak i kurek jest siedliskiem drobnoustrojów.
CDC zaleca, aby w przypadku braku mydła i wody stosować odkażacz do rąk na bazie alkoholu zawierający co najmniej 60% alkoholu . Pozostaw do wyschnięcia na powietrzu.
Regularne mycie rąk powoduje wysuszenie rąk, co w skrajnych przypadkach może narazić je na infekcje. Aby temu zaradzić, regularnie używaj nawilżacza na bazie gliceryny.

Osobiście uważam, że długie paznokcie, tipsy oraz pierścionki na palcach utrudniają utrzymanie higieny.

Unikaj kontaktu z osobami kichającymi i kaszlącymi, unikaj tłumu. Jedno kichnięcie to jest wyrzucenie w postaci aerozolu mikrocząsteczek wydzieliny śluzowej zawierającej groźne drobnoustroje.

Witamina C, rutinoscorbin, wapno, cynk uszczelniają komórki i utrudniają przedostawaniu się wirusa w głąb organizmu. Suplementacja witaminy D chroni przed ostrymi infekcjami dróg oddechowych, odgrywa ważną rolę w funkcjonowaniu układu odpornościowego. Należy jednak mieć na uwadze, że suplementacja zmniejsza ryzyko infekcji, ale jej nie leczy.
Materiałem zakaźnym jest mocz i kał osoby zakażonej koronawirusem.

Mam też pewne wątpliwości i uwagi:

W Polsce istnieje duża społeczność bezdomnych, która może stanowić grupę zagrażającą. Nie mają dostępu do Internetu, nie są świadomi zagrożeń. Służby sanitarno-epidemiologiczne mają utrudniony kontakt w przypadku ustalania wywiadu epidemiologicznego. Na dodatek obserwuje się grzebiących w śmietnikach, nierzadko zawierających np. zakażone chusteczki higieniczne.

W sklepach można bezkarnie wybierać z półki pieczywo nie opakowane, nie zabezpieczone przed osobami nie przestrzegającymi należytej higieny. Istnieje duże prawdopodobieństwo, że ekspedientki zakażą produkty spożywcze przy jednoczesnym kontakcie z pieniędzmi. 

Trawa na boisku podczas treningów i meczów jest obficie opluta i zasmarkana przez sportowców, którzy podczas upadku tarzają się w tej mieszance wydzielin. Nic dziwnego, że coraz więcej sportowców choruje i z tego powodu odwoływane są mecze.

Diagnostyczne testy w kierunku Koronawirusa SARS-CoV-2 sprowadzono do Polski stosunkowo późno. Nie było możliwości zdiagnozowania osób z objawami grypopodobnymi, którzy chorowali w styczniu i w lutym. Jeśli część z tych osób miała nie grypę, ale Covid-19 to istnieje prawdopodobieństwo, że te osoby są nosicielami koronawirusa SARS-CoV-2. 

Linki:
[1]. Ludzkie koronawirusy
[2]. BHP w laboratorium mikrobiologicznym
[3]. https://twitter.com/PalliThordarson/status/1236549331106156544
[4]. https://fastlifehacks.com/n95-vs-ffp/

BHP w laboratorium mikrobiologicznym

Obiecałam Justynie - czytelniczce mojego bloga, napisać nieco szerzej na temat zagrożeń w laboratorium mikrobiologicznym, a co za tym idzie, zachowania standardów bezpiecznej pracy z materiałem zakaźnym, zagrożeń związanych z nieprzestrzeganiem tych standardów.

Czy praca w laboratorium mikrobiologicznym jest bezpieczna? Czy diagnosta może być narażony na zakażenie się patogenami wyhodowanymi w laboratorium?

W laboratorium  mikrobiologicznym obowiązują inne wymagania niż w laboratorium chemicznym czy analitycznym. Mamy tu do czynienia z materiałem potencjalnie zakaźnym,  hodujemy drobnoustroje wysoce zjadliwe, równolegle prowadzimy hodowle z kolekcji szczepów wzorcowych. Kontakt z namnożonym materiałem zakaźnym, a tym bardziej rozniesienie go na środowisko poza laboratoryjne stanowi olbrzymie zagrożenie zdrowotne. Należy pamiętać, że badany materiał może zawierać wirusy zapalenia wątroby typu B, C i G (HBV, HCV, HGV) oraz wirus wywołujący AIDS (HIV), toksyny i inne czynniki wywołujące alergię, astmę, jaja pasożytów jelitowych, zarodniki grzybów chorobotwórczych.

Kilka praktycznych wskazówek dla diagnosty laboratoryjnego.

Bądź czujny i kontroluj pracę każdego z członków personelu, również sprzątaczek, pomocy laboratoryjnych. Patrzcie sobie nawzajem na ręce, zwracając uwagę, na jakość pracy, na przestrzeganie procedur związanych ze zmywaniem stołów laboratoryjnych, podłóg, parapetów, komory laminarnej, myciem i odkażaniem rąk. To samo dotyczy pomieszczeń biurowych, zmywalni, pożywkarni, pokoju przyjęć próbek do badania.  To bardzo ważne, by zachować czujność.

Trzeba pamiętać, że ludzie wpadają w rutynę, utrwalają złe nawyki, że mogą mieć małą wiedzę o patogenach i wtedy łatwo zlekceważyć zasady zachowania bezpiecznej pracy.

Muszę się przyznać, że ja nie zawsze zakładam rękawice ochronne podczas pracy, ot, przyzwyczajenie z dawnych lat, ale od zawsze podczas pracy pamiętałam, aby zachować zasady bezpiecznego manipulowania z materiałem zakaźnym. Nie było lamp bakteriologicznych, ale zawsze pod ręką był spirytus skażony, septyl i lizol.
Badając np. kał w kierunku  nosicielstwa Salmonella, Shigella miałam świadomość, że w tym kale mogą znajdować się inne patogeny, których nie uda mi się wyhodować, bo mają one inne wymagania, potrzebują innych pożywek, innej temperatury w cieplarkach, lub wcale nie rosną na pożywkach. Mogą tam być bakterie beztlenowe, wirusy, grzyby, pierwotniaki, pasożyty, one nie wyrosną na pożywkach, a stanowią zakaźną bombę. 

Kawał czasu spędziłam przy stole z bakteriami, pamiętam czasy, kiedy nie było rękawic, maseczek czy okularów ochronnych, ręczników jednorazowego użytku. 
Pamiętam czasy, kiedy u ginekologa suszyły się na kaloryferach rękawiczki gumowe, używane wielkokrotnie, myte jedynie pod bieżącą wodą. Świadomi zagrożenia pacjenci, przynosili ze sobą nowe, własne rękawice.
Nikt nie pracował w komorze laminarnej, ani pod dygestorium. Trzeba było bez przerwy pamiętać, że bakterie 'fruwają', osiadają na ścianach, na stołach i mogą przeżyć wiele miesięcy, mimo niekorzystnych warunków otoczenia.
Nie pracuj przy otwartych oknach, pracuj w pomieszczeniach zamkniętych. Pamiętaj, że każdy ruch powietrza roznosi bakterie, które opadając na powierzchnie stanowią zagrożenie, a jako aerozol suchy jest szczególnie niebezpieczny dla otoczenia.

Zmywaj często powierzchnie biurowe, w tym klamki, słuchawkę telefonu, biurko, mysz czy klawiaturę komputera. Pamiętaj, że na dokumentach, ołówkach czy długopisach, torebkach czy obuwiu aż roi się od patogenów. Nie łatwo dezynfekować takie materiały, a łatwo przenieść je ze stanowiska pracy poza teren laboratorium.

W laboratorium nie powinno być kwiatków. Obcięte paznokcie i brak pierścionków na palcach to standard.

Zorganizuj sobie stanowisko pracy tak, aby na stole laboratoryjnym było dużo przestrzeni do operowania materiałem, pousuwaj zbędne przedmioty, zadbaj o luz na stanowisku pracy, poukładaj sprzęt i narzędzia odpowiednio po lewej i po prawej stronie, tak, aby to co ma trafić do prawej ręki było po prawej stronie.

Opalaj ezy po uprzednim zamoczeniu oczka ezy czy igły w spirytusie, aby uniknąć odprysków materiału zakaźnego. W moim laboratorium używałam również ez własnoręcznie skonstruowanych ze spirali grzejnej do kuchenek elektrycznych czy do żelazek starego typu. Dzisiaj pewnie nikt tego nie potrafi skonstruować takiej ezy. Drut ze spirali prostowało się przy pomocy palnika gazowego, a następnie można było skręcać oczko ezy na wkładzie do długopisu czy na rączce ezy, w zależności od potrzeby uzyskania wielkości oczka.
Przepalone ezy są chropowate, rysują pożywki i wtedy łatwo o odpryski materiału zakaźnego.
Miałam pod ręką palnik z denaturatem, przygotowany na wypadek awarii, gdyby zabrakło gazu do opalania ezy. 

Należy unikać odrywania się od pracy przy stole laboratoryjnym!

W trakcie pracy z próbkami badanymi, nie odbieraj telefonu, nie rozmawiaj z osobami postronnymi, pamiętaj, aby ostrożnie operować rękami, z dala od twarzy.

W przypadku rozbicia szkła z próbką zakaźną pamiętaj, żeby zbierać stłuczkę przy pomocy szczypiec lub pincety, nigdy bezpośrednio rękami, nawet jeśli masz założone rękawice ochronne.

W razie stłuczki wrzucamy szkło do pojemnika na odpady ostre, a następnie dezynfekujemy zanieczyszczoną powierzchnię, pokrywając ją ligniną nasyconą  stosownym płynem dezynfekcyjnym w odpowiednim stężeniu ok. 4-5 godzin. Następnie należy dokładnie odkazić ręce płynem dezynfekcyjnym (np.70% alkohol etylowy) i dopiero potem umyć je mydłem. Zanim oddamy skażoną odzież ochronną do prania i dezynfekcji należy ją przechowywać w specjalnym pojemniku.

Nie wyobrażam sobie  gromadzenia biologicznych odpadów w schowkach czy innych zakamarkach bez wymaganego monitoringu. Nie wyobrażam sobie mycia szkła bez uprzedniego autoklawowania hodowli!! Materiał biologiczny stanowi bombę epidemiologiczną.
Kiedyś unieczynniało się hodowle bakteryjne w aparatach Kocha. Na szczęście to już historia. Wyparły je autoklawy. 

Nie wyobrażam sobie istnienia laboratorium mikrobiologicznego bez posiadania autoklawów. A takie laboratoria niestety, istnieją. Niekompetentnym kierownikom laboratoriów mikrobiologicznych najwyraźniej brakuje wyobraźni. Oni powinni mieć umysł szachisty i mieć zdolność przewidywania zagrożeń.

Nie można w mikrobiologii rezygnować z autoklawów, tylko dlatego, że wymagane przeglądy techniczne są drogie. 
Ekonomia w mikrobiologii to zachowanie ostrożności i zdrowego rozsądku. 
Trzeba mieć ograniczone zaufanie do firm zewnętrznych wywożących medyczne materiały zakaźne do specjalistycznych spalarni? Ostatnio media pokazywały przestępczą działalność takich firm i brak kontroli nad nimi przez stosowne służby.
Transport materiałów zakaźnych do odległych spalarni nie jest całkowicie bezpieczny. Firmy nastawione są na zysk, nie mają świadomości zagrożeń.
Niejednokrotnie brakuje samochodów specjalnie przystosowanych do wymogów sanitarnych. Ludziom zabezpieczającym przewóz takich materiałów nie można bezgranicznie ufać. Bo są to często ludzie źle przeszkoleni i nie mają pojęcia o zagrożeniach, o bezpieczeństwie własnego zdrowia, o skażeniu środowiska, chociażby w przypadku nękających nas powodzi, wypadku drogowego etc.