Słowniczek skrótów w mikrobiologii

AAF - mannozooporne fimbrie adhezyjne
AIEC - adherentno- inwazyjne pałeczki E. coli 
CDEC- pałeczki E. coli zdolne do odrywania komórek od podłoża, na którym rosną
CSD - choroba kociego pazura
DAEC- przylegające dyfuzyjnie pałeczki E. coli 

EAEC - enteroagregacyjne pałeczki E. coli 

EAST-1 - toksyna ciepłostała kodowana na plazmidzie

EIEC-  entroinwazyjne pałeczki E. coli 

EPEC- pałeczki E. coli 

ETEC- enterotoksynogenne pałeczki E. coli 
HACEK - grupa bakterii Gram (-) będąca florą fizjologiczną jamy ustnej, która może może być przyczyną infekcyjnego zapalenia wsierdzia. Należą tu: Haemophilus parainfluenzae, H. aphrophilus, H. paraphrophilus, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens, Kingella sp. 

HUS - zespół hemolityczno – mocznicowy 

Pet -  białko o właściwościach enterotoksyny
PTSAgs -toksyna pirogenna o właściwościach superantygenów (pyrogenic toxin superantigens)
RASFF - unijny System Wczesnego Ostrzegania o Niebezpiecznej Żywności i Paszach 
ShET1. - toksyna kodowana na plazmidzie
Spes - egzotoksyna pirogenna  wytwarzana przez GAS (streptococcal pyrogenic exotoxin)
STEC - werotoksyna wytwarzana przez E. coli
VTEC - enterokrwotoczne / werotoksyczne pałeczki E. coli 
WHO - Światowa Organizacja Zdrowia 

EAEC

EAEC to enteroagregacyjne szczepy pałeczek Escherichia coli należące do grupy biegunkotwórczych pałeczek E. coli, wywołujących biegunki u dzieci i dorosłych. Biorą udział w wywoływaniu tzw. biegunek podróżnych.
W Polsce EAEC nie stanowią problemu epidemiologicznego, ale głównie dlatego, że są trudne do zdiagnozowania, więc nieznane są faktyczne ilości zachorowań z powodu zakażeń EAEC. Biochemicznie nie różnią się od innych niepatogennych E. coli. Duże zróżnicowanie serologiczne EAEC dodatkowo utrudnia ich identyfikację. 
Pierwsze doniesienia na temat biegunki wywołanej przez EAEC pochodzą z lat 80. XX w.
EAEC odpowiadają przede wszystkim za wodnistą biegunkę z dużą ilością śluzu utrzymującą się 2-3 tygodnie.Zdarza się, że biegunka może mieć przebieg ostry, z towarzyszącymi wymiotami, podwyższoną temperaturą i domieszką krwi w kale.Okres wylęgania 8-18 godzin.
Najważniejszą cechą wirulencji EAEC jest ich zdolność do adhezji, czyli ścisłego przylegania jelita i tworzenie biofilmu z dużą ilością śluzu, dzięki obecności mannozoopornych fimbrii adhezyjnych (AAF). Fimbrie kodowane są przez plazmidy aggA, aafA, agg-3A. To znacznie upośledza wchłanianie wody i składników odżywczych. 
W tworzeniu biofilmu odgrywa rolę białko dyspersyna, kodowane przez gen aap.
Szczepy EAEC wytwarzają toksynę ciepłostałą EAST-1, toksynę Pet (białko o właściwościach enterotoksyny) oraz toksynę ShET1. Wszystkie toksyny kodowane są na plazmidzie.
Dużym zagrożeniem dla człowieka sa szczepy 'hybrydowe', czyli posiadające wspólne dla różnych typów patogennych E. coli. Największe niebezpieczeństwo niesie nabycie przez szczep EAEC - DNA bakteriofaga charakterystycznego dla VTEC (werotoksyczny szczep E. coli). Szczep taki może wywoływać zespół hemolityczno-mocznicowy (HUS).
---------------
Źródło: Medycyna Doświadczalna i Mikrobiologia. Zeszyt 1/2012, 64: 63-71

Biegunkotwórcze pałeczki E. coli

Istnieje dość duży odsetek zachorowania na  biegunki zarówno u dzieci, jak i dorosłej populacji  o nieustalonym czynniku etiologicznym.

Jeżeli więc w próbce kału nie wyhodowano żadnych chorobotwórczych drobnoustrojów, nie oznacza to, że nie ma wskazań do zaniechania leczenia oraz, że nie ma problemu epidemiologicznego.

Uzyskanie precyzyjnego wyniku badania  zależy w dużej mierze od dobrej diagnostyki mikrobiologicznej, w tym od wachlarzu badań. W większości krajów europejskich prowadzi się szerszy zakres badań diagnostycznych, niż u nas w Polsce. U nas ten zakres badań jest ograniczony, z powodu braku przydatnych diagnostycznych markerów, ale głównie ze  względów ekonomicznych.

Przykładem może być właśnie diagnostyka schorzeń przewodu pokarmowego  i zatruć pokarmowych, w tym wachlarz badań  pałeczki okrężnicy Escherichia coli, odpowiedzialnej w dużym stopniu za  owe schorzenia.

Pałeczki E. coli należą do fizjologicznej flory jelitowej i wyhodowanie jej z kału od osoby z biegunką bez oceny chorobotwórczości izolowanego szczepu nie może być podstawą do uznania go za czynnik etiologiczny.

Patogenne dla przewodu pokarmowego człowieka szczepy E. coli podzielono na kilka kategorii zależnie od obecności genotypowych lub genotypowych markerów chorobotwórczości:

• EPEC - enteropatogenne pałeczki E. coli
• VTEC -   werotoksyczne szczepy  pałeczek E. coli
• EIEC - enteroinwazyjne pałeczki E. coli
• ETEC-  enterotoksynogenne pałeczki E. coli
• EAEC -  EAEC enteroagregacyjne pałeczki E. coli
• DAEC -  przylegające dyfuzyjnie pałeczki E. coli 
• AIEC -  adherentno- inwazyjne pałeczki E. coli 
• CDEC -  pałeczki E. coli zdolne do odrywania komórek od podłoża, na którym rosną

Oznacza to, że dawny podział E. coli stosowany na podstawie budowy antygenowej szczepu na E. coli chorobotwórcze i niechorobotwórcze dla przewodu pokarmowego nie jest już stosowany i ma znaczenie historyczne.

zobacz Słowniczek Mikrobiologiczny

Palenie papierosów szkodzi zdrowiu

Szacuje się, że w ciągu najbliższych 50 lat palenie tytoniu przyczyni się do śmierci ok. 450 mln ludzi.

W naszym kraju palenie tytoniu  jest wciąż powszechnym zjawiskiem.

Zjawiskiem mało piętnowanym, zwłaszcza przez osoby odpowiedzialne za profilaktykę oraz edukację antynikotynową. 

Zjawiskiem mało piętnowanym przez osoby, które powinny służyć przykładem, edukować i egzekwować. Do takiej grupy należałoby zaliczyć  media, lekarzy, stomatologów, psychologów, a właściwie wszystkie specjalności medyczne, a także przede wszystkim studentów w/w zawodów.

W Norwegii i Stanach Zjednoczonych codziennie pali papierosy zaledwie 3-5% studentów medycyny. Ci przyszli lekarze są widocznie świadomi szkodliwego wpływu palenia  na zdrowie i rozumieją swoją  przyszłą rolę związaną z zachęcaniem palaczy do rzucenia nałogu, mają świadomość,  że skoro będą udzielać porad antynikotynowych swoim pacjentom, powinni  dawać przykład i być dla nich autorytetem.

Badania ankietowe wśród dorosłych Polaków z 2002 roku wskazują, że obecnie pali codziennie  41% mężczyzn i 24% kobiet. 

Rzadko zdarza się, aby podczas wizyty lekarskiej, zwracano pacjentowi uwagę na szkodliwość palenia, na szkodliwy wpływ  ok. 1300 toksycznych i rakotwórczych związków zawartych w papierosach, na konieczność walki z nałogiem. 

Lekarze widocznie nisko oceniają skuteczność takich działań. 

To ostatnia niedziela bez papierosa ... 

Zdrowie na giełdzie

Kilka tygodni temu mieszkańców 70 tysięcznej populacji leżajskiej ogarnął strach i panika przed perspektywą braku dostępności do mikrobiologicznych badań diagnostycznych. 
Wojewódzki Inspektor Sanitarny w Rzeszowie ogłosił likwidację 11 laboratoriów w sanepidach, w tym laboratorium mikrobiologicznego PSSE w Leżajsku. 
Zadania, jakie należą do  medycznego laboratorium mikrobiologicznego dają mieszkańcom poczucie bezpieczeństwa w sytuacjach zagrożenia zdrowotnego, sanitarnego,  epidemiologicznego, klęsk żywiołowych. 
Jakie oszczędności  miałaby przynieść budżetowi państwa likwidacja laboratorium? Uzdrowić służbę zdrowia? Poprawić sytuację sanitarno-epidemiologiczną?
A może chodzi o lobbowanie na rzecz komercji i przygotowywanie gruntu pod interes prywatnych przedsięwzięć? Diagnostyka medyczna jest  bardzo atrakcyjną niszą do zagospodarowania i zrewolucjonizowania rynku medycznego. Na diagnostyce medycznej można nieźle zarobić. Certyfikowane laboratoria, wykształcony personel to kapitał wart zachodu.

Nad Wisłą wciąż nie docenia się diagnostyki medycznej i oszczędza się na niej, zamiast w nią inwestować -  uważa Tomasz Tuora 36-letni biznesmen z  Łomianek, który chce opatentować i wprowadzić na światowy rynek polski analizator krwi. 

Biznes w kropli krwi 

Miłosz Węglewski w artykule 'Biznes w kropli krwi' w Newsweeku  Nr 9/2012 opisuje mechanizm, w jaki sposób przygotowuje się grunt pod taki biznes. 

Oto fragmenty artykułu:

(..) Wprowadzenie na rynek naszego analizatora będzie podobnym przełomem w diagnostyce jak pojawienie się glukometru 40 lat temu – zapowiada Tomasz Tuora, prezes i główny akcjonariusz Cormaya. 

Nie słyszeliście o nim? Nic dziwnego. Jego przodkowie pochodzą ze Szwajcarii, a nad Wisłą znają go głównie ludzie z branży medycznej i farmaceutycznej, no i paruset inwestorów giełdowych. Zwłaszcza tych, którzy trzy lata temu mieli intuicję albo szczęście i kupili akcje spółki Cormay po 1-2 zł albo rok temu po niespełna 6 zł. Dziś kosztują one prawie 16 zł i w latach kryzysu okazały się najlepszą inwestycją na warszawskiej giełdzie. Ba, ulokowanie pieniędzy w akcjach tego tygrysa branży medycznej i biotechnologicznej, wycenianego przez rynek na prawie pół miliarda złotych, było korzystniejsze niż zakup srebra czy złota. To właśnie dzięki entuzjazmowi inwestorów 36-letni biznesmen z Łomianek już w przyszłym roku może wejść do pierwszej setki najbogatszych Polaków.

Trampoliną do wejścia Cormaya na największy rynek diagnostyki medycznej ma być przejęcie notowanej na giełdzie Nasdaq firmy o podobnym profilu, mającej przetarte kanały dystrybucji. 

Giełda, tak jak branża medyczna, jest pod wrażeniem dotychczasowej skuteczności Tuory w budowaniu biznesu o zasięgu globalnym przez starannie przemyślane, precyzyjnie przeprowadzane i efektywne przejęcia zagranicznych spółek.

 Bo jego największą pasją i atutem jest zarządzanie: pieniędzmi, ludźmi, projektami. Gdyby los nie związał go akurat z tą branżą, byłby zapewne równie sprawnym menedżerem w transporcie, przemyśle spożywczym czy budownictwie. Szukałby tam atrakcyjnych nisz i pomysłów, które mogą je zrewolucjonizować.Jednak nie chodzi mu o samą rewolucję, tylko o zarobienie na niej.

 

Alergicy są wśród nas

9 marca 2012 r w Muzeum Ziemi Leżajskiej  odbyła się konferencja naukowa 'Wolność oddechu - zapobiegaj astmie. Alergicy są wśród nas'  zorganizowana przez Państwowego Inspektora Sanitarnego w Leżajsku - lek. med. Leszka Solarza. 
Wykład poświęcony alergii, czynnikom wywołującym astmę oskrzelową wygłosił Pan prof. zw. dr hab. med. Ryszard Kurzawa, który jest kierownikiem Kliniki Alergologii i Pneumonologii Instytutu Gruźlicy i Chorób Płuc w Rabce Zdroju.
Pan profesor w bardzo ciekawy sposób połączył profesjonalną wiedzę naukową dotyczącą czynników etiologicznych wywołujących alergię, objawom o różnym patomechanizmie, reakcji immunologicznych  z ciekawostkami dotyczącymi rozpoznawania, leczenia i zapobiegania alergii. 
Wyjaśnił mechanizm reakcji krzyżowej alergenów brzozy wywołujących reakcję po spożyciu świeżych jabłek. Przedstawił korzystną rolę ziół stosowanych w celu uzyskania odporności przeciwko alergenom. Zioła, a zwłaszcza niektóre ich komponenty wspomagają odporność organizmu. M. in. suche wyciągi z liści bluszczy, czy preparaty jeżówki.
Zwrócił szczególną uwagę na czynniki środowiskowe: roztocza kurzu domowego, alergeny pyłków roślin, sierści kota, na szkodliwy wpływ dymu tytoniowego na zachorowalność na astmę. 
Grzyby pleśniowe mogą wywoływać alergię pokarmową. (Patulina w środkach spożywczych).
Przy okazji dowiedziałam się, że jednym z czynników wskazujących na skłonność do alergii mogą być podkrążone oczy, sucha, szorstka, chropowata skóra i długie rzęsy! Są to pierwsze oznaki chorobowe, a które są często lekceważone przez pacjentów i lekarzy.
Od całkiem niedawna wykorzystuje się w leczeniu chorób układu oddechowego ekstremolity z bakterii wyizolowanych z suchego jeziora na pograniczu sudańsko-egipskiego. Bakterie te żyją w warunkach 0-60 stopni, przystosowały się do wysokiej temperatury tak, żeby nie traciły wody. Preparaty z tych bakterii stosuje się do atopowego zapalenia skóry.

Test Goulda. Badanie bakteriurii

Zakażenia układu moczowego (ZUM) stanowią poważny problem diagnostyczny, terapeutyczny i epidemiologiczny. 
Szybkie podanie antybiotyku w przypadku ZUM jest co prawda zasadne i wielu klinicystów podejmuje się leczenia bez uprzednich badań mikrobiologicznych, jednak wskazane jest zlecenia badania bakteriurii, jeszcze przed włączeniem antybiotykoterapii, celem ustalenia czynnika etiologicznego oraz określenia wrażliwości na antybiotyki i chemioterapeutyki. 

Bakteriologiczne badanie moczu w trakcie antybiotykoterapii  ogranicza wartość wyniku mikrobiologicznego. 

Podczas badania bakteriurii należy koniecznie wykonać test Goulda, by sprawdzić i określić czy w badanej próbce moczu znajdują się czynniki zahamowania wzrostu dla bakterii Gram (+) i Gram (-).  Ma to istotne znaczenie dla prawidłowej interpretacji wyniku, gdy wynik jest ujemny lub wątpliwy.
W tym celu na podłoże Mueller-Hintona posiewamy 2 szczepy wzorcowe: Staphylococcus aureus ATCC 25923 będącym przedstawicielem bakterii Gram-dodatnich i Escherichia coli ATCC 25922 będącym przedstawicielem bakterii Gram-ujemnych, po czym nakładamy krążek bibułowy nasączony w badanej próbce moczu uprzednio ogrzanej przez 60 min. w temp. 60 ° C. Za wynik dodatni, świadczący o obecności w moczu czynnika hamującego wzrost bakterii, przyjmuje się każdą strefę zahamowania wzrostu szczepów wzorcowych wokół krążka. Gdy jeden lub obydwa czynniki są dodatnie należy badanie powtórzyć, gdyż po ustąpieniu czynnika hamującego wzrost może nastąpić wzrost bakterii.
Nie można określić czynników zahamowania wzrostu dla bakterii Gram (+) i Gram (-) przesyłając do badania mocz na dostępnych na rynku URICULTACH, stosowanych dość powszechnie przez pacjentów. Uriculty uniemożliwiają określenie ilościowo, a jedynie orientacyjnie jednostek CFU na 1ml moczu. Uriculty  nie pozwalają na prawidłową diagnostykę. 

Bakteriologiczne ilościowe badania moczu zostały zapoczątkowane przez Kassa. Mają one ogromną wartość diagnostyczną, rozstrzygają, czy fakt wyizolowania bakterii z moczu rzeczywiście wskazuje na proces infekcyjny toczący się w układzie moczowym czy też bakterie te stanowią nieistotne zanieczyszczenie próbki moczu.[1] 
Powszechne stosowanie antybiotyków sprzyja selekcji szczepów wrażliwych na antybiotyki. Coraz częściej pojawiają się szczepy wytwarzające różnorodne mechanizmy oporności na antybiotyki. 
Obecność znamiennej liczby bakterii jednego rodzaju świadczy o zakażeniu. Przyjmuje się, że jeśli w posiewie wyhodujemy więcej niż 10 000 jednostek tworzących kolonie (CFU/ml) to uznajemy bakteriurię znamienną oznaczającą obecność bakterii w moczu. Przeprowadza się wtedy oznaczenie antybiotykowrażliwości, aby ustalić schemat leczenia.

Hodowla, w której albo nie stwierdza się wzrostu w ciągu 24 lub 48 godzin lub wzrost jest mniejszy niż 10 000 CFU/ml, zwykle świadczy, że nie ma zakażenia. Jeżeli jednak objawy utrzymują się posiew powinien być powtórzony.

Bakteriomocz poniżej 1000 komórek/1ml (10³CFU/ml) uważa się za bakteriurię nieznamienną. Wyjątkiem są wyhodowane w moczu pałeczki ropy błękitnej Pseudomonas aeruginosa, których obecność niezależnie od liczby bakterii, świadczy o ZUM.

Na liczbę wykrywanych jednostek CFU w 1 mililitrze badanego moczu wpływa szereg czynników, takich jak obecność leków, antybiotyków i in. związków hamujących wzrost drobnoustrojów, ale także pH moczu itp. 
Dostępne na rynku testy paskowe dają co prawda możliwość szybkiej, wstępnej weryfikacji zakażenia układu moczowego. Pamiętać jednak należy, że mają one jedynie wartość orientacyjną, mogą dawać fałszywie dodatnie wyniki w przypadku zażywania niektórych antybiotyków np. cefaleksyny, tetracykliny, a także w przypadku występowania dużej oksalurii lub glukozurii, ponadto krwiomocz makroskopowy charakterystyczny dla etiologii wirusowej powoduje odbarwienie testu.

---

[1] Wybrane zagadnienia z zakresu laboratoryjnej diagnostyki. Akademia Medyczna w Krakowie. 1979.