Z Mikrobiologią za Pan Brat w konkursie na Blog Roku 2012

Zakończył się II etap głosowania SMS VIII edycji konkursu Blog Roku 2012.
10 blogów z poszczególnych kategorii z najwyższą liczbą głosów trafiło już pod ocenę jurorów.Co prawda mój blog 'Z Mikrobiologią za Pan Brat' został nominowany do II tury, ale nie zakwalifikował się do finałowych dziesiątek
Dziękuję wszystkim, którzy oddali na mój blog SMS. Anna Ordyczyńska

Blog Roku 2012

Grzyby Candida oporne na flukonazol na liście czynników alarmowych

C. albicans (zielone) i C. glabrata (różowe)

          Na liście czynników alarmowych - drobnoustrojów uznawanych za patogeny alarmowe pojawiły się (jako nowość) szczepy grzybów drożdżopodobnych Candida albicans oporne na flukonazol, oraz grzybów pleśniowych Aspergillus sp. 
        W przypadku wykrycia któregoś z tych szczepów należy na wyniku mikrobiologicznym raportować jego obecność.

        Patogeny alarmowe są monitorowane przez Państwową Inspekcję Sanitarną zgodnie z Rozp. Min. Zdrowia z dnia 23 grudnia 2011 r. w sprawie listy czynników alarmowych, rejestrów zakażeń szpitalnych i czynników alarmowych oraz raportów o bieżącej sytuacji epidemiologicznej szpitala.
Dokumentacje dot. patogenów alarmowych są przechowywane przez okres nie krótszy niż 20 lat!


O grzybach drożdżopodobnych pisałam już kilkakrotnie w moim blogu. >>Candida albicans i inne grzyby drożdżopodobne
           W przypadku fungemii wywołanej drożdżakami z rodzaju Candida na całym świecie dominuje C. albicans - 40-50% przypadków, C. parapsilosis 30-40% przypadków, C. glabrata 10-20%, C. tropicalis 5-10%. Nie można lekceważyć problemu kandydozy, gdyż śmiertelność spowodowana tymi grzybami mieści się w zakresie 25-40% przypadków.

Oporność na flukonazol grzybów Candida może być naturalna ( u C. glabrata i C. krusei) lub nabyta (głównie u C. albicans).

Flukonazol jako lek p/grzybiczy z grupy azoli stosowany jest w terapiach osłonowych lub empirycznych bez oznaczenia wrażliwości (antymykogramu). Podawany jest w leczeniu zakażeń układowych i w profilaktyce pacjentom po przeszczepach nerek.

Lista czynników alarmowych

1) gronkowiec złocisty (Staphylococcus aureus) oporny na metycylinę (MRSA) lub
glikopeptydy (VISA lub VRSA) lub oksazolidynony;
2) enterokoki (Enterococcus spp.) oporne na glikopeptydy (VRE) lub oksazolidynony;
3) pałeczki Gram-ujemne Enterobacteriaceae spp. wytwarzające beta-laktamazy o
rozszerzonym spektrum substratowym (np. ESBL, AMPc, KPC) lub oporne na
karbapenemy lub inne dwie grupy leków lub polimyksyny;
4) pałeczka ropy błękitnej (Pseudomonas aeruginosa) oporna na karbapenemy lub inne dwie grupy leków lub polimyksyny;
5) pałeczki niefermentujące Acinetobacter spp. oporne na karbapenemy lub inne dwie grupy leków lub polimyksyny;
6) szczepy chorobotwórcze laseczki beztlenowej Clostridium difficile oraz wytwarzane przez nie toksyny A i B;
7) laseczka beztlenowa Clostridium perfringens;
8) dwoinka zapalenia płuc (Streptococcus pneumoniae) oporna na cefalosporyny III generacji lub penicylinę;
9) grzyby Candida oporne na flukonazol lub inne leki z grupy azoli lub kandyn;
10) grzyby Aspergillus;
11) rotawirus (rotavirus);
12) norowirus (norovirus);
13) wirus syncytialny (respiratory syncytial virus);
14) wirus zapalenia wątroby typu B;
15) wirus zapalenia wątroby typu C;
16) wirus nabytego niedoboru odporności u ludzi (HIV);
17) biologiczne czynniki chorobotwórcze izolowane z krwi lub płynu mózgowo-rdzeniowego, odpowiedzialne za uogólnione lub inwazyjne zakażenia. 

Mechanizm działania leku p/ grzybiczego FLUKONAZULU

       
Miejscem docelowym działania jest błona komórkowa grzybów, a szczególnie enzymy biorące udział w biosyntezie ergosterolu. Azole hamują zależną od cytochromu P-450 desmetylazę powodującą transformację lanosterolu w ergosterol. Syntezę enzymu determinują geny ERG11. Mutacje punktowe genu prowadzą do syntezy zmienionego enzymu,który traci swoje właściwości biologiczne,a szczep kliniczny grzyba staje się oporny na flukonazol.
      Innym mechanizmem oporności Candida na flukonazol jest aktywne usuwanie leku z komórki , a geny odpowiedzialne za ten mechanizm zlokalizowane sąw chromosomie komórki grzyba. Empiryczna terapia flukonazolem prowadzi też do selekcji oraz namnożenia  gatunków o obniżonej wrażliwości na flukonazol, C.parapsilosis, C.tropicalis.

Literatura:
Med. Dośw. Mikrobiol.,2012, 64;245-253.

Kolory w mikrobiologii - barwa moczu

Czy zdarzyło się Wam kiedykolwiek podczas sikania zaniepokoić z powodu nietypowej barwy moczu?

Mogę się założyć, że w swoim życiu każdy miał chwile zwątpienia gdy zauważył, że sika krwią, na czerwono.

W większości przypadków czerwona lub różowa barwa moczu pojawia się po spożyciu buraczków ćwikłowych, także jeżyn, o ile mocz jest tylko kwaśny. Trzeba również wziąć pod uwagę czy nie braliśmy leku p/bólowego ibuprofenu.

W przypadku, gdy mocz jest zasadowy po spożyciu buraków będziemy sikać na żółto, natomiast również przy zasadowym moczu po zjedzeniu rabarbaru na różowo lub czerwono.

Czerwonopomarańczowy mocz pojawi się przy antybiotyku ryfampicynie. Czerwonobrunatny zażywając metronidazol.

Po zjedzeniu marchewki czy witaminy A mocz może zmienić barwę na żółtopomarańczową. W ramach eksperymentu możemy sprawdzić czy zmieniony kolor moczu rzeczywiście jest z tych produktów, barwa znika po dodaniu eteru.

       Gorzej, gdy nasz mocz przybiera barwę niebieskozieloną. To już powinno wzbudzić prawdziwe zaniepokojenie. Przyczyną może być groźna infekcja bakteryjna wywołana przez pałeczkę ropy błękitnej Pseudomonas aeruginosa.

       W medycynie znane jest pojęcie 'Zespół zielonej pieluszki' - kiedy w moczu niebieskie indygo wskazuje na rodzinnie występujący defekt metaboliczny polegający na zaburzeniu tryptofanu.
'Zespół czerwonej pieluszki' - spowodowany przez bakterię chromogenną Serratia marcescens, która wytwarza czerwony barwnik w warunkach tlenowych w 25 - 30 st. C. 
O bakteriach i pigmentach przez nie wytwarzanych pisałam wcześniej     >>> Kolory w mikrobiologii

     Jeśli mocz zostawimy na jakiś czas i zauważymy, że po ekspozycji na światło dzienne staje się ciemniejszy należy podejrzewać choroby krwi.  Powstaje ciemnobrązowy mocz, niezależnie od jego objętości oraz ciężaru właściwego, gdy we krwi pojawia się duża liczba krwinek sierpowatych. Porfirie to grupa chorób metabolicznych, genetycznie uwarunkowanych (defekt enzymów biorących udział w syntezie hemu).
Ciemne zabarwienie moczu może być spowodowane obecnością herbatki 
goldenseal -herbatka ze złotego korzenia rośliny Hydrastis canadensis (gorzknik kanadyjski).
     Należy zwracać uwagę czy mocz jest mętny. Może świadczyć o bakteriurii, ale niekoniecznie. Mleczna barwa może świadczyć o dużej ilości leukocytów wielojądrzastych, nadmiarze kwasu szczawiowego, obecności tłuszczów w moczu (zespół nerczycowy), a nawet chylurii (obecność chłonki w moczu). 

Grzyby chorobotwórcze

Idzie zima, wietrz mieszkanie!
Poważne zagrożenie zdrowotne dla pracowników przebywających w budynkach, zwłaszcza w budynkach starych, nie wentylowanych  stanowią grzyby, zarówno drożdżopodobne, jak i grzyby pleśniowe. 

Plastikowe okna, często szczelnie zamykane ze względów ekonomicznych uniemożliwiają prawidłową wentylację pomieszczeń i sprzyjają wzrostowi flory bakteryjnej i grzybów chorobotwórczych. Ściany budynków wcale nie muszą mieć widocznych zagrzybiałych plam czy nacieków, a powietrze w pomieszczeniach nie musi pachnieć pleśnią. W pomieszczeniach, wydawałoby się czystych i schludnych można się spodziewać obecności groźnych patogenów 'fruwających' w powietrzu.

Mikroflora powietrza może zawierać zarodniki grzybów wywołujących nieżyt nosa, zapalenie spojówek, alergie, dolegliwości ze strony przewodu pokarmowego.

Candida glabrata

Do najczęściej występujących grzybów w powietrzu wewnętrznym budynków biurowych należą gatunki z rodzaju Penicillium, Cladosporium, Aspergillus, Ulocladium i Stachybotrus.

Schemat różnicowania wstępnego grzybów na podstawie makroskopowego wyglądu kolonii na agarze Sabourauda i na podstawie cech mikrohodowli

Gardnerella vaginalis w gardle?

Miałam poważne wątpliwości czy wyhodowane paciorkowce uznać za Gardnerella vaginalis. W końcu to bakterie mające powinowactwo do nabłonka dróg moczowo-płciowych, a ja badałam wymaz z gardła.

Postanowiłam jednak przed wypisaniem wyniku skonsultować się z pacjentką, by wyjaśnić moje wątpliwości. 
Pacjentka bez namysłu stwierdziła, że to może być całkiem prawdopodobne, ze względu na seks oralny. Pewnie dlatego mają razem z  partnerem ciągłe kłopoty zdrowotne i dyskomfort podczas współżycia. Krosty, zaczerwienienie, swędzenie,  w okolicach intymnych,  nieustający ból gardła, nieskuteczność antybiotyków i in. chemioterapeutyków. Obwiniała się, że to pewnie ona systematycznie zaraża swojego partnera. 
Badając materiał od tej pacjentki, chyba intuicyjnie nastawiłam krążek GV, bo rutynowo nigdy tego nie robię i chyba żaden mikrobiolog nie szuka rutynowo Gardnerella vaginalis w materiale z gardła.  

Wymieniane przez pacjentkę objawy - krosty, zaczerwienienie, swędzenie, nieustający ból gardła, nieskuteczność antybiotyków są spowodowane raczej grzybicą, bo w badanym materiale wyhodowano również blastospory grzybów drożdżopodobnych z rodz. Candida. 

Antymykogram wskazuje na możliwość leczenia tej kandydozy za pomocą ketokonazolu, ekonazolu, klotrymazolu lub flukonazolu. Pacjentka dostała co prawda flukonazol, ale w czopkach czy globulkach. Terapia samymi globulkami nie ma sensu, jeśli równocześnie nie leczy się partnera. Należy pamiętać również o grzybach, które  skolonizowały jamę ustną, które przez wielu lekarzy uznawane są za florę fizjologiczną. 

Hodowla drobnoustrojów w warunkach tlenowych na agarze z krwią baranią. Wymaz z gardła

U aktywnych seksualnie kobiet i mężczyzn różne grupy drobnoustrojów, od bakterii, po wirusy czy pierwotniaki mogą być przyczyną przewlekłych infekcji jamy ustnej i  narządów płciowych równocześnie.

Groźnymi patogenami przenoszonymi na drodze kontaktu płciowego są m. in. kiła, rzeżączka, chlamydia, rzęsistek pochwowy, wirus opryszczki, wirus brodawczaka ludzkiego, Gardnerella vaginalis, Streptococcus agalactiae, Candida spp. i jeszcze kilka innych. 

Kiedyś, jednostki chorobowe wywoływane kiłą czy rzeżączką kwalifikowano jako choroby wenerycznymi, dzisiaj  mówimy, że są to choroby przenoszone drogą płciową. Bakteryjna waginoza wywoływana przez Gardnerella vaginalis nie jest uważana za chorobę przenoszoną drogą płciową.

Krążek diagnostyczny GV nasycony bacytracyną służy do identyfikacji 

Gardnerella vaginalis

Mechanizmy opornosci na makrolidy, linkosamidy i streptograminy B

Mechanizm działania antybiotyków z grupy- makrolidów, linkosamidów i streptogramin polega na hamowaniu syntezy białka na poziomie podjednostki 50S rybosomu.

U paciorkowców obserwuje się następujące dwa mechanizmy oporności na te antybiotyki:

• - modyfikacja miejsca docelowego działania leku lub
• - mechanizm wypompowywania leku z komórki.

Te mechanizmy pozwalają wyróżnić wśród bakterii  3 fenotypy oporności

• iMLSB, 
• cMLSB i
• M-fenotyp.

Do oceny wrażliwości paciorkowców β-hemolizujących na makrolidy, linkosamidy i streptogramin B  i wyróżnienia tych 3 fenotypów w zależności od rodzaju mechanizmu oporności stosuje się metodę dwóch krążków. Metoda ta pozwala zróżnicować szczep w zależności od wielkości i kształtu stref zahamowania wzrostu wokół krążków z antybiotykami:

iMLSB - strefa zahamowania wzrostu wokół krążka z erytromycyną wskazuje na średnią wrażliwość lub oporność  i spłaszczenie strefy przy krążku z klindamycyną, tzw. strefa D.

Na fotografii przedstawiającej lekooporność szczepu Streptococcus pyogenes - uwidoczniony testem 2 krążków  mechanizm indukcyjnej oporności iMLSB z widoczną strefą D.

cMLSB - strefa zahamowania wzrostu wokół krążka z erytromycyną i klindamycyną wskazuje na oporność.

M-fenotyp - strefa zahamowania wzrostu wokół krążka z erytromycyną wskazuje na średnią wrażliwość lub oporność  oraz brak spłaszczenia strefy wokół krążka z klindamycyną.

Ten mechanizm oporności związany jest z obecnością pompy błonowej mef(A),  aktywnie

wypompowującej lek z komórki. Warunkuje oporność na erytromycynę i pozostałe makrolidy 14 i 15-członowe i występuje u paciorkowców fenotyp M.

Oporność krzyżowa na makrolidy, linkozamidy i streptograminy B w mechanizmie MLSB pojawia się u bakterii pod wpływem modyfikacji - 23S rRNA  - miejsca docelowego działania leku, warunkowana jest obecnością genów erm, głównie erm (A), erm (B), kodujących metylazy rybosomalne i nadających oporność w mechanizmie MLSB konstytutywnym lub indukcyjnym.

W zależności od typu genu erm i poziomu jego ekspresji, fenotypowej oporności na

erytromycynę może towarzyszyć zachowanie wrażliwości na linkosamidy (klindamycynę i

linkomycynę). Jednak pomimo to, w przypadku stwierdzenia mechanizmu MLSB, zarówno

konstytutywnego cMLSB, jak i indukcyjnego iMLSB, w leczeniu nie powinno się stosować makrolidów, klindamycyny i streptogramin B ze względu na ryzyko niepowodzenia terapeutycznego.

Słowniczek

erm skrót ang. - erythromycin resistance methylase

Literatura:

• Rekomendacje doboru testów do oznaczania wraż liwości bakterii na antybiotyki i chemioterapeutyki. 2009
• Lekowrażliwość paciorkowców β-hemolizujących izolowanych z wymazów z gardła i materiału ropnego. Med. Dośw. Mikrobiol. 2010, 62: 309-317.

Mikroby wrażliwe na olejki eteryczne

Zainteresowały mnie badania naukowe stwierdzające, że olejek goździkowy oraz jego lotne składniki wykazują aktywność p/biofilmową. 

O biofilmie pisałam już we wcześniejszych blogach. 

Link >>> Rola biofilmów w patogenezie człowieka

Roślinne olejki eteryczne mogą być stosowane, jako produkty alternatywne lub pomocnicze w terapii zakażeń biofilmowych.

Wpływają na aktywność enzymów mitochondrialnych patogenów, redukując żywotność biofilmów bakteryjnych, grzybiczych, mieszanych.

Sprawniej niż olejek w stanie płynnym penetruje w głąb biofilmu frakcja lotna olejku. Olejek w aerozolu jest  więc lepszy niż wszelkiego rodzaju maści, kremy czy zasypki z antybiotykami, stosowane bezpośrednio na zakażoną ranę. Maści, kremy czy inne środki antyseptyczne utrudniają odpływ wydzieliny, zwiększając tym samym proces zapalny i opóźniając ziarninowanie tkanki.

Tak więc degradacja biofilmu pod wpływem aerozolowego olejku goździkowego może pomóc wniknięciu leku i ułatwić terapię.

Olejki eteryczne posiadają szeroką gamę aktywności terapeutycznej. Udokumentowano ich działanie p/bakteryjne, p/wirusowe, p/grzybicze i antyoksydacyjne. Stosowane są od dawna przy leczeniu zakażeń układu oddechowego, pokarmowego, narządów płciowych, a także przy wspomaganiu funkcjonowania układu immunologicznego, endokrynologicznego i nerwowego. Olejki eteryczne wykorzystywane są również w terapii p/nowotworowej, w schorzeniach układu sercowo-naczyniowego i nerwowego, a także wykazują działanie obniżające poziom cholesterolu oraz obniżające i regulujące poziom glukozy.

Właściwości olejków eterycznych znane są bardzo dobrze i wykorzystywane w medycynie i kosmetologii.

W olejku tymiankowym zidentyfikowano 40 składników, z których większość posiada właściwości p/bakteryjne zwłaszcza wobec klinicznych szczepów bakteryjnych wieloopornych na antybiotyki.

Olejki mają właściwości silnie hamujące przyleganie (adhezji) bakterii chorobotwórczych do nabłonka, a więc mogą być wykorzystywane w profilaktyce nawracających infekcji.

Tymol i karwakrol – związki fenolowe znajdujące się w olejkach uzyskanych z gatunków Thymus sp.  Utrudniają w znacznym stopniu adhezję gronkowców Staphylococcus aureus i pałeczek Escherichia coli do komórek nabłonka układu moczowo-płciowego. Związki te są wykorzystywane w medycynie, stosuje się w zapobieganiu infekcji dróg moczowych.

Podobne działanie posiada olejek cząbrowy (Satureja hortensis L.).

Przy leczeniu zmian skórnych – ran, ropni, owrzodzeń, można stosować leczenie miejscowe z olejku tymiankowego. Stosowanie takiego olejku może być wspomagające lub alternatywne do leczenia konwencjonalnego.

W olejku lawendowym zidentyfikowano 34 składniki, w tym m.in. związki fenolowe, alkohole i estry. Są aktywne wobec Staphylococcus aureus (MRSA), Enterococcus faecalis (VRE), a także pałeczek Gram (-) w tym Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Proteus vulgaris, Shigella sonnei.

Badania wykazały również synergistyczne działanie olejków eterycznych w połączeniu z przeciwdrobnoustrojowymi lekami syntetycznymi. Jednoczesne zastosowanie olejku pozyskanego z Pelargonium graveolens i norfloksacyny wobec szczepów Staphylococcus aureus, Escherichia coli oraz Bacillus sp. Pozwoliło znacznie obniżyć minimalne, efektywne stężenie hamujące antybiotyku.

 Ogród Roślin Leczniczych

Literatura:

Monika Sienkiewicz. Zakład Mikrobiologii Lekarskiej i Sanitarnej. UM Łódź.  - Ocena wrażliwości klinicznych szczepów Escherichia coli na działanie olejku tymiankowego i lawendowego w odniesieniu do ich lekooporności. Medycyna Doświadczalna i Mikrobiologia 2011, 63: 273-281

Aleksandra Budzyńska. Zakład Usług Mikrobiologiczno-Technicznych.UŁ. Łódź.  - Ocena bójczego działania fazy płynnej i frakcji lotnej olejków eterycznych na hodowle biofilmowe Staphylococcus aureus oraz Candida albicans. Własne rozwiązania metodyczne. Medycyna Doświadczalna i Mikrobiologia 2011, 63: 327-331